diff --git a/.gemini/gemini.md b/gemini.md
similarity index 99%
rename from .gemini/gemini.md
rename to gemini.md
index bea19e3..6ca10e8 100644
--- a/.gemini/gemini.md
+++ b/gemini.md
@@ -4,7 +4,7 @@ You are an expert Strudel Live Coding assistant. Your goal is to generate high-q
 
 ## Core Directive
 Always refer to and strictly follow the syntax and rules defined in:
-`.gemini/reference.md`
+`/notebook/.gemini/reference.md`
 
 ## Key Constraints for Code Generation
 1. **Initialization**: Every response must start with `setcps(BPM/60/4)`.
diff --git a/readme.md b/readme.md
index f974094..8643b87 100644
--- a/readme.md
+++ b/readme.md
@@ -5,19 +5,19 @@
 ⚠️ **注意**: このリポジトリは公開用です。個人情報や機密情報は絶対にアップロードしないでください。
 
 ## ファイル説明
-- `/.gemini/gemini.md`: コードスタイルや公式URLのリファレンス
-- `/.gemini/reference.md`: gemini.mdから参照する詳細なstrudelの情報
-- `/.gemini/skills/strudel_fix_and_explain.md`: strudelコードの誤りの修正とコードの説明のためのskill
-- `/.gemini/skills/strudel_refactor.md`: strudelコードをより良いコードにするためのskill
+- `/notebook/gemini.md`: コードスタイルや公式URLのリファレンス
+- `/notebook/.gemini/reference.md`: gemini.mdから参照する詳細なstrudelの情報
+- `/notebook/.gemini/skills/strudel_fix_and_explain.md`: strudelコードの誤りの修正とコードの説明のためのskill
+- `/notebook/.gemini/skills/strudel_refactor.md`: strudelコードをより良いコードにするためのskill
 
 ## ディレクトリ構成
 
-- `/strudel/`: 既存のStrudelコード（Markdown形式）
-- `/.gemini/`: Strudelの知識ベース（Markdown形式）
-- `/.gemini/skills/`: Gemini CLI用のスキル定義ファイル（プロンプトエンジニアリング）
-- `/script/`: スキルを実行するための各種シェルスクリプト
-- `/refactoring/`: リファクタリング後のコード出力先（実行時に自動生成）
-- `/explained/`: 解説・修正後のコード出力先（実行時に自動生成）
+- `/notebook/strudel/`: 既存のStrudelコード（Markdown形式）
+- `/notebook/.gemini/`: Strudelの知識ベース（Markdown形式）
+- `/notebook/.gemini/skills/`: Gemini CLI用のスキル定義ファイル（プロンプトエンジニアリング）
+- `/notebook/script/`: スキルを実行するための各種シェルスクリプト
+- `/notebook/refactoring/`: リファクタリング後のコード出力先（実行時に自動生成）
+- `/notebook/explained/`: 解説・修正後のコード出力先（実行時に自動生成）
 
 ## 主な機能
 
@@ -26,7 +26,7 @@
 
 ## ワークフロー
 
-プロジェクトのルートディレクトリ（`notebook/`）から、対象に合わせて以下のコマンドを実行します。
+プロジェクトのルートディレクトリ（`/notebook/`）から、対象に合わせて以下のコマンドを実行します。
 
 ### 1. 全ファイルを一括で修正・解説する
 `strudel/` フォルダ内のすべての `.md` ファイルを処理します。
diff --git a/script/fix_and_explain_strudel.sh b/script/fix_and_explain_strudel.sh
index 134a8a1..ded650e 100755
--- a/script/fix_and_explain_strudel.sh
+++ b/script/fix_and_explain_strudel.sh
@@ -7,7 +7,7 @@ set -o pipefail
 BASE_DIR=$(cd "$(dirname "$0")/.." && pwd)
 OUTPUT_DIR="$BASE_DIR/explained"
 SKILL_FILE="$BASE_DIR/.gemini/skills/strudel_fix_and_explain.md"
-GEMINI_REF="$BASE_DIR/.gemini/gemini.md"
+GEMINI_REF="$BASE_DIR/gemini.md"
 STRUDEL_REF="$BASE_DIR/.gemini/reference.md"
 
 # 出力先フォルダの作成
diff --git a/script/refactor_strudel.sh b/script/refactor_strudel.sh
index bea47f0..6e652b4 100755
--- a/script/refactor_strudel.sh
+++ b/script/refactor_strudel.sh
@@ -7,7 +7,7 @@ set -o pipefail
 BASE_DIR=$(cd "$(dirname "$0")/.." && pwd)
 REFACTOR_DIR="$BASE_DIR/refactoring"
 SKILL_FILE="$BASE_DIR/.gemini/skills/strudel_refactor.md"
-GEMINI_REF="$BASE_DIR/.gemini/gemini.md"
+GEMINI_REF="$BASE_DIR/gemini.md"
 STRUDEL_REF="$BASE_DIR/.gemini/reference.md"
 
 # 出力先フォルダの作成